Η λιμνοθάλασσα είναι από τους πιο φημισμένους ψαρότοπους του κόσμου. Από τα ψάρια που αλιεύονται ξεχωρίζουν το λαβράκι, η τσιπούρα και ο κέφαλος. Από την μπάφα (θηλυκός κέφαλος) παράγεται το περίφημο παγκοσμίως αβγοτάραχο Μεσολογγίου.