Αρχαιολογικό Μουσείο
Στεγάζεται στο καθολικό της μονής του Αγίου Φραγκίσκου, αν και τα τελευταία χρόνια σχεδιάζεται και το καινούργιο μουσείο. Η έκθεση χωρίζεται σε δύο ενότητες: η πρώτη περιλαμβάνει ευρήματα από τα νεολιθικά χρόνια ως την υστερομινωική περίοδο, ενώ η δεύτερη από τη γεωμετρική περίοδο ως τα ρωμαϊκά χρόνια.
Λαογραφικό Μουσείο Χανίων
Περιλαμβάνει αναπαραστάσεις αγροτικών και οικιακών εργασιών, παραδοσιακών εργαστηρίων, διακοσμητικά αντικείμενα και είδη καθημερινής χρήσης αλλά και μια ενδιαφέρουσα συλλογή υφαντών και κεντημάτων. Το μουσείο δημιουργήθηκε με πρωτοβουλία της Ασπασίας Μπικάκη και της Ειρήνης Κουμανδράκη.
Ναυτικό Μουσείο Κρήτης
Στο λιμάνι των Χανίων, στην είσοδο του ενετικού φρουρίου Φιρκά, στεγάζεται από το 1973 το μουσείο που είναι οργανωμένο σε 13 ενότητες, ξεκινώντας από την αρχαιότητα και καλύπτοντας την περίοδο μέχρι τη Μάχη της Κρήτης. Ανάμεσα στα εκθέματά του θα βρείτε μακέτες, μια συλλογή από κοχύλια, αμφορείς, ομοιώματα πλοίων, ενώ διαθέτει επίσης αξιόλογη βιβλιοθήκη και δραστηριοποιείται σε σημαντικά ερευνητικά προγράμματα.
Μουσείο Τυπογραφίας
Κάντε ένα ταξίδι στο χρόνο μέσα από χειροκίνητα τυπογραφικά πιεστήρια του 19ου αι., πιο σύγχρονα αυτόματα του 20ού αλλά και πολυάριθμα εργαλεία, τυπογραφικά στοιχεία κ.ά. Στεγάζεται στο Βιοτεχνικό Πάρκο Χανίων και διαθέτει μια πολύ ενδιαφέρουσα κρητική βιβλιοθήκη με σπάνια βιβλία του 16ου αι., χάρτες, παλιά φύλλα κρητικών εφημερίδων, χαρτονομίσματα αλλά και γραμματόσημα.
Ιερά Μονή Αγίας Τριάδας Τζαγκαρόλων
Από τα σημαντικότερα μοναστηριακά συγκροτήματα της Κρήτης, βρίσκεται στους πρόποδες της οροσειράς του Σταυρού, στην περιοχή Ακρωτήρι, και ιδρύθηκε από τους αδελφούς Ιερεμία και Λαυρέντιο Τζαγκαρόλο (αρχές 17ου αι.). Ο συνδυασμός ορθόδοξης μοναστηριακής αρχιτεκτονικής με δυτικές φόρμες επηρεασμένες από την Ενετοκρατία δημιουργεί ένα άκρως εντυπωσιακό αποτέλεσμα. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει και το εκκλησιαστικό μουσείο της μονής αλλά και τα διεθνώς βραβευμένα προϊόντα που παράγει, όπως ελαιόλαδο και κρασί.
Μονή Γουβερνέτου
Σημαντικό και ιστορικό μοναστήρι στο Ακρωτήρι, αφιερωμένο στην Παναγία Κυρία των Αγγέλων. Το ερειπωμένο, οχυρωμένο εξωτερικά συγκρότημα του καθολικού της μονής βρίσκεται μέσα σε φαράγγι, κοντά στο μοναστήρι, όπου βρίσκεται επίσης και το σπήλαιο της Αρκούδας.
Κέντρο Αρχιτεκτονικής Μεσογείου (Κ.Α.Μ.)
Λειτουργεί από το 1997 και στεγάζεται στο Μεγάλο Αρσενάλι ενώ στόχο έχει να ευαισθητοποιήσει το κοινό για τη σημασία της αρχιτεκτονικής στην καθημερινή ζωή αλλά και να προωθήσει επιστημονικές ανταλλαγές για την καλύτερη δυνατή συνεργασία με ανάλογους φορείς της Ελλάδας και της Μεσογείου. Μια από τις πιο ενδιαφέρουσες δράσεις που διοργανώνονται στο χώρο του είναι το φεστιβάλ p_public.