Αρχοντικό Λάζαρου Κουντουριώτη
Βαμμένο σε έντονο κροκί χρώμα, δεσπόζει σε ύψωμα πάνω από το λιμάνι. Είναι επισκέψιμο και στεγάζει λαογραφικά εκθέματα αλλά και πινακοθήκη με τα έργα των Περικλή και Κωνσταντίνου Βυζάντιου.
Αρχοντικό Παύλου Κουντουριώτη
Επιβλητικό αρχοντικό με τουλάχιστον δέκα κρεβατοκάμαρες και πολύ ενδιαφέρουσα επίπλωση. Χαρακτηριστικό δείγμα η τραπεζαρία του 1800 με τις ζωγραφισμένες με μυθολογικές παραστάσεις καρέκλες.
Ιστορικό Αρχείο-Mουσείο Ύδρας
Στην ανατολική πλευρά του λιμανιού, κοντά στο Λιμεναρχείο, περιλαμβάνει εκθέματα από τους Βαλκανικούς Πολέμους, από τον Α΄ και τον Β΄ Παγκόσμιο, πινακοθήκη με έργα ζωγράφων και κειμήλια από τα χρόνια της Επανάστασης, όπως και αρχείο με σπάνια βιβλία και χειρόγραφα.
Εκκλησιαστικό και Βυζαντινό Μουσείο
Στο χώρο των παλιών κελιών της Μονής Κοιμήσεως της Θεοτόκου στην προκυμαία. Εκτίθενται άμφια, κειμήλια και εικόνες κυρίως του 18ου αιώνα.